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肝内胆管结石的诊断有B超、CT、胆道造影、MRCP等。B超是一安全、无创性的首选—线检查。但其对肝内胆管结石的诊断准确率相对较低（约50％），因此还需要更准确的胆道造影等检查进一步确诊。CT可以显示肝内胆管扩张和肝实质改变，并可获得一个有关肝内胆管系统的立体图像。胆道造影主要是指经皮经肝胆道穿刺造影（PTC）、经内镜逆行胆胰管造影（ERCP）等，其诊断准确率较高，是诊断肝内胆道系统病变最有价值的影像学检查，但因为有创性，有一定的并发症。磁共振胆胰管造影（MRCP）是近年来开展的胆道系统检查方法，其特点是无创性和较高的准确率，对肝内胆管结石和胆管狭窄具有重要的诊断价值。
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