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一、特定器官系统的疾病
例如过敏性鼻炎、气喘病、脑炎、先天性心脏病、肾炎、肝炎、感染寄生虫、良性或恶性肿瘤等等。这类型小孩的生长曲线可见到明显的偏离，通常可溯自最初生病的年龄。设法找出病因，若是可以治愈的疾病，治疗后通常身高也会跟上正常人﹝catch up growth﹞。
二、内分泌疾病
内分泌异常的小孩，必须仔细评估并排除肿瘤疾病的可能性，多种内分泌异常，要检综合症脑下垂体的磁振造影，由于脑下垂体肿瘤可以小到几毫米，因此有必要到设备完善的医院进行检综合症。
会导致身高矮小常见的内分泌疾病有：
﹝一﹞甲状腺功能不足﹝Hypothyroidism﹞
﹝二﹞生长素缺乏﹝Growth hormone deficiency﹞
﹝三﹞假性副甲状腺机能低下﹝Pseudohypoparathyroidism﹞
﹝四﹞库欣症﹝Cushing syndrome﹞
三、精神社会身高矮小
不良的家庭环境所造成儿童心理上的长期创伤，如同身体上的疾病一般，也会影响生长发育。这类型小孩的身体检综合症与正常人无异，但是生长曲线会偏离。若早期发现，可设法使受虐儿隔离至正常环境下生长，经长期心理辅导复健后通常身高也会跟上正常人。
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