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在十五、十六日召开的中国-东盟非典型肺炎的经济社会影响专题国际研讨会上，来自卫生部官员坦言：这次非典疫情，充分暴露了中国应对突发公共卫生事件的四个主要问题。
卫生部疾病监控司肖东楼昨在发言中指出四个主要问题是：
第一、表现在没有权威性的国家级指挥中心，难以统一协调。所以在处理特大和重大的突发事件时，往往出现多头领导，各自为政，职责不清，资源分散浪费，不能形成一个高效的运作机制，延误了处理突发事件的最佳“战机”，导致事态扩大，给人民生命健康和国家经济带来巨大损失。
第二、消息不畅，延误对突发事件的预测、预报和预警。
第三、应急反应设备落后和技术物资储备不足。现在，国家疾控中心的装备一是老化，大部分为八十年代用世行贷款项目采购，二是缺乏新的快速诊断设备仪器，三是储备不足或没有储备。
第四、应急反应机构及专业技术队伍力量薄弱。各地的疾病预防控制机构由于常规经费投入不足，大部分机构需要投入大量精力开展有偿服务以维持正常工作，非常不利于队伍的稳定和人员素质的提高，无法适应日益繁重的疾病预防控制日常工作和严峻的突发公共卫生事件应急处理任务。同时由于经费不足，工作环境与条件的落后，使人才流失严重，有的专业甚至已经出现专家空缺。
他同时针对上述的现状指出，中国将在以下三个方面完善应急反应机制。第一、建设指挥有效，统一协调，反应及时，分级负责，分类指导，处置有效的指挥体系。
第二、建立数据报告准确，信息共享便利，能够及时快速对各种突发事件进行预测预报的监测网络体系。
第三、建立技术过硬，反应快速，设备先进，人才队伍稳定的技术支撑体系。在充分利用现有卫生资源的基础上，坚持预防为主，保持常备不懈，以期构建起一个可持续发展的，具有国际水平和权威性的应急反应机制。
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