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人们生活在一个充满微生物的环境与世界里，食品在生产与加工过程中，有许多机会可以受到污染。如许多可经食物传播的微生物广泛存在于健康、供作食用的肉用动物的肠道内。在畜禽屠宰过程中，肉尸可以通过接触肠道内容物而受到污染。同样，如果洗涤用水或灌溉用水受到动物粪便或人粪便的污染，新鲜蔬菜和水果也可以被污染。某些沙门氏菌菌株可以感染鸡的卵巢，因此，一个外观看上去很正常的鸡蛋在蛋壳尚未形成前，其内容物就已受到沙门氏菌的污染。牡蛎和其他以滤过性方式摄食的贝类可以浓缩海水中天然存在的弧菌或排放到海洋中的人粪便中存在的某些病原微生物。
在食品加工制作阶段，许多可经食物传播的微生物可以通过加工制作食品的人员或与其他生鲜农产品交叉污染的方式污染食品。例如，志贺氏菌(Shigella)、甲肝病毒(Hepatitis A virus)和诺瓦克病毒(Norwalk virus)均可以通过受到感染的食品从业人员的手污染食品。在厨房，常常可以通过使用同一把刀、同一块砧板或其他同一加工工具，在使用后未清洗即用于另一种食品的加工处理，造成微生物从一种食物扩散到另一种食物。某种已经加热烧煮的食品如果再接触其他生的食品，或接触到含有病原体的生鲜食物的水滴，也可以被再次污染。
食品受到污染以后采用不同的处理方式也关系到疾病是否会爆发。许多在食品中存在的细菌需要生长繁殖达到一定的菌量才能导致疾病。在一定的温、湿度条件下，如给予充足的营养物质，一个细菌每半小时通过分裂复制形成两个细菌，这样在短短的12小时内，一个细菌可以通过这种方式繁殖形成160亿个细菌。其结果是，原先受到轻度污染的食品经过一整夜后，到第二天就可能是感染性很高的食品了。如果将食品及时放入冰箱冷藏，细菌也就不会生长繁殖。概括起来说，冷藏或冷冻基本上使所有的细菌都停止了生长繁殖，但细菌只是暂时处于这种状态。这种基本规律也有少数例外。有两种食源性细菌(李斯忒单胞菌和耶尔森肠杆菌)就可以在冷藏的温度条件下生长。高盐、高糖或高酸可以制止细菌的生长，传统上人们就是利用细菌的这一特性制作咸肉、果酱和腌制蔬菜来达到保藏食品的目的。
通过加热可以杀死微生物。如果将食品加热到中心温度达到160℉(或78℃)，维持数秒钟，即足以杀灭各种寄生虫、病毒或细菌，不过这种温度条件还不能杀灭芽孢杆菌，芽孢杆菌可以以一种耐热的形态存在，称为芽孢(Spore)。
细菌产生的各种毒素其耐热性各异。金黄色葡萄球菌产生的毒素即使在煮沸条件下也不被破坏，而肉毒杆菌产生的毒素经煮沸即可被完全灭活。
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