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动物性食品的生鲜原料极有可能已受到污染，动物性食品原料主要有生鲜畜禽肉、鲜蛋、生鲜牛奶和贝类等。因滤食性贝类菌株可在海水中存在数月之久，因此只要海水存在任何一种病原体，贝类食品就很可能被污染。用动物性食品原料混合制成的食品危险性特别大，如将大量生鲜牛奶混合在一起，将许多鲜蛋打在一个大的容器内，将许多牛肉绞碎混合在一起等。只要其中一小部分的动物性食品原料存在某种病原体，就会污染整批食物。一只汉堡包可能含有用数百头肉用动物加工制成的肉类原料，某餐馆供应的一份炒鸡蛋可能含数百只鸡所下鸡蛋混合而成的原料，一杯牛奶其中可能含有数百头乳牛所产的牛乳原料，一只烘烤用的杀白鸡因在宰杀后与其他杀白鸡泡在同一水池中而可能接触到其他杀白鸡的血迹污水等。
生吃的水果蔬菜应加以特别的注意。通过清洗可以减少但不能完全消除水果蔬菜中含有的污染物，因此消费者几乎很难自我保护。一些食物中毒的爆发事例证明，食用在卫生条件极差的情况下加工的新鲜水果和蔬菜可以引起发病。表明水果与蔬菜收获后，清洗和冷却用水的卫生质量十分重要。使用不洁水可使整箱的水果蔬菜受到污染。施用新鲜粪便也可以使蔬菜污染。苜宿苗和其他嫩苗培植的条件对微生物的生长也同样十分理想，而这些嫩苗通常又是不经加热直接生吃食用的。如果种籽上存在少量病原菌可在嫩苗培植过程中生长繁殖，并达到很高的菌量。未经巴斯消毒的果汁也可以受到污染，如果所用水果原料内部或表面存在病原体的话。
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