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卫生部常务副部长高强在向全国人大常委会报告当前我国重大传染性疾病防治工作情况时坦陈，从整体上看，我国重大疾病防治工作的力量还不够，力度还不大，重点不够突出，许多工作还不到位，难以适应疾病预防控制的新形势，不能满足人民群众日益增长的卫生健康需求。
高强说，目前主要存在6个方面的问题：
——对重大传染性疾病的严重性、危害性认识不足，预防为主的卫生工作方针落实得不够好。长期以来卫生部门和一些地方政府没有把疾病预防控制作为卫生工作最基本的职能和最重要的任务，贯彻预防为主的卫生工作方针不坚决。卫生改革发展整体思路不够明确，不适应社会主义市场经济体制的新要求。存在重治疗、轻预防，重城市、轻农村，重建设、轻管理的倾向。
——突发公共卫生事件应对机制不健全。传染病流行等突发公共卫生事件在我国时有发生，但我们一直没有建立完善的应对机制，没有制定有效的应急预案。缺乏公开、透明的疫情报告制度和监测网络；医疗资源条块分割，导致应急指挥不统一，信息不畅通，反应不灵敏，难以有效应对突如其来的重大传染病流行等突发公共卫生事件。
——疾病预防控制能力不强。目前，国家、省、市(地)、县(市)四级已建立疾病预防控制机构3463个，有职工20万人左右。但从总体来看，职责不明，功能不强，素质不高，设施落后。相当多的机构和人员没有把主要工作精力放在疾病预防控制上。在设施装备、人才培养和工作部署等方面，难以有效应对重大传染病的流行。
——卫生法制建设滞后。传染病防治法于20世纪80年代后期公布施行，现在许多情况发生了变化，有些规定已不能适应新形势的要求。同时卫生执法不严、监督不力的问题比较普遍，多头执法、重复执法、有权无责、以罚代管的问题没有完全解决。一些地方和单位有法不依、违法不究，违法违规销售伪劣食品，瞒报、缓报、漏报疫情等问题时有发生。
——农村卫生工作相当薄弱。农村是我国卫生工作的重点，但对这一方针贯彻落实得不好，农村缺医少药、卫生条件落后的状况没有大的改变。大多数乡镇卫生院房屋破旧，缺乏基本医疗设备，从业的卫生技术人员中相当一部分业务素质不高，缺乏必要的专业知识和技能。一些农村地区常规免疫接种率下降，导致部分人群出现免疫空白，一些传染病发病率回升。
——政府财政投入不足。近年来，卫生事业费占财政支出的比重逐年下降。20世纪80年代平均为3.1%，2002年下降到1.7%。1995年，在全国疾病预防控制机构支出中，财政拨款占75%；2002年下降到41%。
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