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虽然抗菌药凭处方购买的变革还不是迫在眉睫，但是医疗机构早已行动起来，利用“过渡期”这段宝贵时间，通过培训、调研、督察等各种手段，向不规范应用抗菌药的行为开刀。复旦大学附属华山医院抗生素研究所副所长、传染病科主任张永信教授表示：社会出于信任，将应用抗菌药的权利完全置于医生的笔下，广大医务工作者更应该感到责任重大。
上海最大的医疗机构瑞金医院专门组建了抗菌药应用委员会，在院内感染委员会的领导下开展工作。在此基础上，一份《瑞金医院抗菌药物应用规范》及时出台，要求各级医务人员掌握抗菌药的应用指征；严格规范标本采集程序、重视确认病原菌的环节；每月出版《院内感染通讯》发布院内临床监测到的主要细菌。病人使用二线以上的抗菌药物必须填写申请表，由主治医生以上医务人员签字。瑞金医院副院长俞卓伟告诉记者：抗菌药的合理应用，是对医院管理水平、技术水平和医德医风的全面考验。除了定期开展合理运用抗菌药的培训外，药剂科每月排出前10位左右的药物使用量，发现其中有不明原因的“异军突起”药物，就先停药，再追究原因。
目前，电子病历在上海医疗机构已经不是什么新鲜事，医生在计算机上记录病史、开处方，药方通过网络直接转移到药房的电脑屏幕上。在“无纸化”的趋势下，如何确保药方外流的畅通，成为众多医院正在研究的话题。医疗机构纷纷表示：绝对不为患者带处方到药店买药“设卡”。徐汇区中心医院除了家庭病床外，已经基本上看不到手写处方，院长办公室副主任、外科主治医生任雪雷表示：获悉上海实行抗菌药凭处方购买的时间节点后，医院将抓紧制订有关的规章，规定如何应患者的要求手写处方。上海近年来积极推进的“三医联动”改革也为合理使用抗菌药进行了良好的铺垫。“医疗机构不靠卖药取胜，不应该靠药品收入来支撑医院。”在医药分流的大背景下，上海卫生系统正努力降低医疗总费用中的药品收入比例，提高技术收费含量。
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