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艾滋病病毒是有选择地攻击特异性免疫系统中的主将──淋巴细胞，破坏特异性免疫系统，引起一系列免疫缺陷的症状。因此而被称为获得性免疫缺陷综合征。研究表明，艾滋病病毒对TH淋巴细胞(辅助性T细胞)有特别的亲和力，或者说，TH淋巴细胞就是艾滋病病毒的靶细胞。当艾滋病病毒附着在TH淋巴细胞上面后，便把内含物注入淋巴细胞中进行繁殖，借助逆转录酶的作用，将病毒的RNA转化入DNA中，使该细胞成为带有病毒遗传信息的感染细胞。艾滋病病毒利用靶细胞提供的一切条件分裂繁殖，产生成千上万的新病毒，又纷纷攻击其它靶细胞，主要针对TH淋巴细胞，也可以侵犯其它细胞(如神经系统细胞)，这样循环不已，艾滋病病毒最终散布全身。正常的TH淋巴细胞，对正常的免疫系统功能是必不可少的。然而，感染了艾滋病病毒的TH淋巴细胞，其功能会大大减弱，甚至完成丧失，最终因整个细胞不断受蚕食而毁灭。
人体大约拥有10亿个TH淋巴细胞，不可能一下子都被艾滋病病毒感染。因此，在被艾滋病病毒感染的早期(第1阶段)，免疫功能尚维持基本正常，病人一般不表现出该病的临床症状。实验室检验能发现轻微异常(病毒检查结果阳性，抗体试验阴性)；第2阶段，免疫功能仍正常，无艾滋病临床表现，但实验室病毒及抗体试验检查结果均为阳性；最终，当艾滋病病毒感染淋巴结时，病人淋巴结会局部发炎而肿大，免疫系统不断遭到严重破坏，严重感染随时发生。随后，逐步升级，直至无力抵御外来的一切感染，此时，条件性感染和某些癌瘤便能很快地发展，乃至夺走病人的生命。
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