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尽管革兰氏阴性杆菌仅占社区获得性肺炎的2%，但却在医院获得性肺炎(包括致死性医院获得性肺炎)中非常多见。其中最重要的病原菌是克雷白杆菌，它可引起Friedländer肺炎。其他常见的病原菌是绿脓杆菌，大肠埃希菌，大肠杆菌，败血变形杆菌，粘质沙雷菌和不动杆菌。绿脓杆菌是囊性纤维化，中性粒细胞减少症，晚期AIDS，支气管扩张症和重症监护中获得性肺炎的常见病原菌。革兰氏阴性杆菌肺炎在健康人中罕见，常发生于婴儿，老年人，酒精中毒，身体虚弱或免疫抑制，尤其是有中性粒细胞减少的病人。
一般的病理生理机制是细菌在口咽部繁殖，然后随上气道分泌物的微粒吸入。革兰氏阴性杆菌由于各种严重疾病在上气道内繁殖，病人原来的病情愈重，此种情况愈多见。
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