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防御功能受损病人的潜在病原体可能很多。但是根据宿主免疫缺陷的性质，X线改变和临床症状的类型，往往能判断出最可能的病原体。呼吸道症状和胸部X线检查异常可能由感染以外的各种原因所致，如肺出血，肺水肿，放射性损伤，细胞毒性药物造成的肺损害以及肿瘤浸润。
疾病的进展速度有助于了解发病的原因。出现急性症状的病人，其可能的诊断是细菌性感染，出血，肺水肿，白细胞凝集素反应或肺栓塞。症状呈亚急性或慢性者，则提示真菌或分枝杆菌性感染，机会性病毒感染，卡氏肺孢子虫性肺炎，肿瘤，细胞毒性药物反应或放射损伤的可能性较大。
胸部X线检查异常的类型也有助于判断。X线显示局限化的病变伴有实变，一般表明感染涉及细菌，分枝杆菌，真菌或诺卡菌属。间质性病变多半代表病毒感染，肺孢子虫性肺炎，药物或放射损伤或肺水肿。弥漫性小结节状病灶提示分枝杆菌，诺卡菌属，真菌或肿瘤。空洞性病变提示分枝杆菌，诺卡菌属,真菌或细菌。
由于病原体繁多，故需强调病因诊断，大多数传染病有特异疗法，治疗不当会有较高的病死率。诊断方法因临床表现及所能采取的手段而异。首先要作痰染色和培养，其结果往往对诊断无决定意义。在免疫缺陷病人，由于有治疗不当的危险，需采取有创性手段(如支气管镜检,经胸壁肺穿刺或开放式肺活检)以利明确诊断。通过支气管镜检(经支气管活检)或开放性手术获取组织，用于组织学检查或培养。虽然采取后一种办法一般需全身麻醉且在术后要留置胸导管，但可以在直视下在病变部位采取足够的标本。此办法仍是最有诊断价值的可靠措施。然而，许多病人病情太重，无法承受有创性活检。在这种情况下，经纤维支气管镜与支气管肺泡灌洗常可提供具有诊断价值的标本。
对疑有感染的急性病人，常根据推测及痰液革兰氏染色与培养结果选用药物治疗。诊断较肯定之后再对治疗行调整。
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