英国政府一个监察组织说，水疗可能会严重影响身体健康。英国健康保护署说，没有严格的清洁和消毒程序的话，水疗池或浴缸可能藏有可致病甚至致命的病菌。
据介绍，最大的威胁来自军团病，这种疾病可导致严重呼吸困难。过去五年已有五宗与水疗池有关的军团病报告，导致四人死亡。类以流感的庞蒂亚克热病亦是一个威胁。
英国健康保护署编撰了一本124页厚的水疗池安全指引，当中的发现令人忧虑。其它危险包括水中含有可能导致致命脑膜炎的奈格式阿米巴变型虫，亦可能滋生可引致角膜炎的棘阿米巴变型虫。
水疗浴池没有经过定时消毒，将有病毒和隐孢子虫存活。后者是一种病原体，能导致严重不适和胃痛。
专家建议浴池使用者：保持头发不沾水，及避免吞下浴池的水。水疗池之所以容易受感染，是因为使用者都挤在一个细小的范围内，肯定令水有高浓度的有机物质，例如鼻子里的粘液、口水、汗水、死皮、防晒油、化妆品、洗发水或肥皂、毛发，大小便等。
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