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调查·确认
在查阅前两天的医疗记录时，刘医生发现就在前一天，也就是3月27日，也有一名病症相同的患儿死亡。
她将这三个患儿死亡病例联系在一起之后，立即将这个情况报告了阜阳当地的卫生和疾控部门。
阜阳市卫生和疾控部门立即组织当地的专家进行会商，就在会商的当天，3月29日，又有两个患有相同症状的患儿死亡。短短3天时间，连续有5名症状相同的患儿死亡，阜阳市卫生和疾控部门将这一紧急情况上报给了安徽省卫生厅。分析的结果排除了SARS、禽流感等严重的传染病，但是对当前这种疾病的病因分析没有结果。
4月15日，安徽省卫生厅将这一情况报告了卫生部，卫生部立即指挥中国疾病预防控制中心加入到了这场寻找致命疾病原因的战斗当中。
卫生部和中国疾控中心，一方面组织了专家组火速赶往阜阳市，另一方面对这种疾病的病理原因进行实验室检测。
中国疾病预防控制中心副主任杨维中："同时我们也在对早期送到北京的标本进行检测，当时标本数量非常有限，我们在4月19号的时候，我们的实验室工作人员，对已有的标本已经就发现了一些线索，一些比较重要的线索，但是这个线索只有一份标本，有一点蛛丝马迹，不能够拿来作为判断这个事件的(依据)，不足以拿来判断这个事件。"
而与此同时，阜阳当地的情况越来越严峻，患者数量不断增加，死亡的病例也在不断增长。当地卫生部门加大了病人标本的采集力度，并以最快的速度将这些标本送到北京，由中国疾控中心病毒病预防控制所的实验人员加紧查找病因。
到4月23日，经过中疾控研究人员连续几天的日夜奋战，导致阜阳儿童传染病的原因最终被确认。
中国疾病预防控制中心副主任杨维中："在5个死亡病例的标本中间，检测到了EV71的核酸，经过测序证实了是EV71病毒，也就是肠道病毒71型。另外也从21个仅仅表现在只是手、口、足这些部位出现皮疹的这些轻型病人这里，同样又检测到了EV71病毒的核酸，那么经过测序也证实是EV71病毒。"
同时，阜阳当地临床专家和流行病学专家的调查结果也支持了实验室的这一检测结果，卫生部专家组最终确定，导致这种传染病的病因就是EV71病毒。
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