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在两会上，很多代表委员认为，农村县、乡、村三级预防保健体系的建设仍存在诸多问题，农村公卫服务体系亟待加强。
人大代表、辽宁省副省长滕卫平认为，2003年和2004年，辽宁省在公共卫生上共投入10亿元，是建国以来投入最多的一年，今年还有部分资金会陆续到位。应该说，县级公共卫生的基础设施建设和设备已经到位。现在担心的是功能能否到位？他希望今年把工作重点放在功能上。功能建设既不要缺位，也不要越位，而应严格按照卫生部公布的各级机构应承担的功能来建设。
功能能否到位关键取决于人才。在资金和设备即将到位的情况下，农村公共卫生人才的问题越显突出。目前的这支公共卫生队伍不能适应功能的需要。辽宁省的县级疾病预防控制中心仅有30%达到国家要求的功能标准。希望国家尽快建立符合社会主义市场经济规律的农村公共卫生人才培养和流动机制。
河南省卫生厅新近对该省1971所乡镇卫生院的调查显示，1/6乡镇卫生院已经或基本倒闭，1/2勉力维持，只有1/3能正常运转。郑州大学二附院杨利霞委员呼吁，农村三级预防保健网不能再“线断网破”了！
杨利霞委员认为，造成这一现象的主要原因在于，卫生经费严重缺乏并未好转，甚至有些地方的差额补贴比例反而降低了。而经费不足背后的原因很大程度上源于管理体制不顺。河南的数据表明，乡镇卫生院实行县乡共管或乡管的，通常财政投入不足，内部管理混乱。
她说，由于本应属于政府财政确保的疾病控制、卫生监督、妇幼保健和健康教育等公卫投入严重不足，迫使一些防疫站、保健站把主要精力放在门诊、住院等有偿服务的开展，靠创收来弥补经费的不足，从而导致一些传染病得不到有效控制。另外，卫生监督工作不力，卫生执法覆盖不够全面，特别是对疾病控制、公共卫生和医疗行为的监督十分薄弱也是问题的症结之一。
她提出，农村公共卫生属于基本的公共产品，应建立和完善农村卫生专项转移支付制度，将农村基本卫生服务列入公共财政支出范围，进一步加大财政投入力度。新修订的《传染病防治法》就明确规定要保障疾控工作和应急处理工作的经费全额列入预算安排。建议农村公卫所需经费由县级财政安排，对十分困难的县、乡由市、省财政拨付。
浙江省人民对外友好协会副会长徐鸿道委员说，实践证明，建立并完善县、乡、村三级疾病预防保健网是适合我国国情的农村公卫体系，而建立健全这一网络就应该实行垂直管理、逐级负责，由县对农村公卫工作承担全面责任。
在具体操作层面，徐鸿道委员认为有几种思路可以借鉴。一个是分离乡镇卫生院职能，将预防保健职能剥离出来，成立乡镇预防保健所，定性为全额拨款的事业单位，人员与经费列入县级预算，实行“县乡共管、以县为主”的垂直业务指导管理体制。另一种思路是政府购买公卫服务，把乡镇卫生院定位为以公卫为主，集预防、保健、健康教育、医疗、康复、计划生育指导于一体的社区服务机构，并按一定比例配备公卫人员，根据定期考核结果发放财政资金。
对于村级卫生保健服务工作，应推进乡、村卫生机构改革，强化乡、村医疗机构的预防保健、基本医疗等一体化管理，真正落实乡镇卫生院对村卫生室的指导与监管作用，实现统一布局设置、人员配备、财务管理、劳务分配、药品管理的“五统一”。明确乡村医生的报酬和身份，充分调动其一体化管理的积极性和主动性。
徐鸿道委员强调，加强农村预防保健队伍建设，开发、配置适宜的农村疾病预防控制人才，充实和优化卫生人力资源结构也必不可少。
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